Nach Abschluss seiner Studien (Primarlehrer, Klavier, Schulmusik II, Kantor) baute Beat Schäfer zwischen 1983 und 2000 — während seiner Zeit als Musiklehrer an der Kantonsschule Hohe Promenade Zürich — im Auftrag der reformierten Kirchgemeinde in Meilen eine mehrchörige Kantorei mit angegliederter Singschule auf.

Seit 1994 Leiter der Kantorenschule Zürich, ist er jetzt als Leiter des Fachbereiches Chorleitung – Orgel – Kirchenmusik und als Dozent für Chorleitung an der Zürcher Hochschule der Künste (ZHdK) tätig. Beat Schäfer ist Leiter von Singwochen, Offenen Singveranstaltungen und Kursen. Er pflegt Einstudierung und Aufführungen eines stilistisch breiten Repertoirs (Oratorische Konzerte, Singspiele, Musicals, A-cappella-Programme vom 13. Jahrhundert bis zu Uraufführungen zeitgenössischer Werke).

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